不過，由于很多員工認為，中科紅旗進行解散清算正是因為“禍起”中科方德，部分股東可能會提出異議，阻礙中科方德接盤。
此前，中科紅旗的員工們指責中科院軟件所設立中科方德公司與中科紅旗展開競爭，同時通過派駐的管理層，要求中科紅旗的員工為中科方德做項目，嚴重影響公司的正常運營。但中科院軟件所否認這些指責。
　　接盤變數
不到2000萬元的出售價格，對于任何一家稍有規模的企業而言，并不是一個大數目。但是，競買人資格中的第四條要求可能讓愿意發起競購的企業少之又少。
根據中科紅旗的公告，競購中科紅旗的企業需要“有意且有能力代為完成本公司所承擔的核高基等政府項目的后續驗收、跟蹤等工作。”在中科紅旗的老員工賀唯佳看來，這條要求實際上提高了企業發起競購的門檻。因為，這實際上要求發起競購的企業承擔很大的風險。
“中科紅旗核高基項目的錢已經花完，而且還導致了欠債。發起競購的企業在接盤之后，要承擔核高基項目能否通過政府驗收的風險。”賀唯佳說，這實際上是個很大的問題。
賀唯佳指出，如果中科紅旗所承擔的相關核高基項目如果不能夠通過政府驗收，接盤的企業可能需要向國家歸還此前分配給的資助資金。“這個問題讓很多潛在的買家有所顧忌。”
此外，由于中科紅旗的核心團隊已經不復存在，發起競購的企業最終能夠獲得的也只是一些商標、軟件著作權等軟性資產。這些資產到底有多大價值，可能也會讓企業會在發起競購前再三思索。