最初設立之時，銀聯的股份結構相對而言較為簡單：銀聯初創的85家發起人單位，除了中國印鈔造幣總公司外，幾乎都是銀行，且分成三大梯隊分別持有其三分之一的股權。
據本報獲得的中勤萬信會計師事務所于2002年3月6日出具的驗資報告及注冊資本實收情況明細表顯示：
第一梯隊為六個國有股東，工、農、中、建、交五大行和中國印鈔造幣總公司分別投入0.9億元，六大股東的持股占比同等，均為5.45%；
第二梯隊為9家全國性股份行和國家郵政局，持有銀聯另外約三分之一股份，分別為招行（4.85%）、浦發（4.85%）、國家郵政局（4.24%）、中信（4.24%）、廣發（4.24%）、光大（3.64%）、深發展（3.03%）、華夏（3.03%）、興業（3.03%）、民生（3.03%），分別投入0.5億-0.8億元，合計持有銀聯約三分之一股份；
第三梯隊為69家城商行、信用社和其它法人機構，分別投入在14萬到4000萬元之間，其中，持股比例最低的青島利群集團持有0.01%，最高的上海銀行持有2.42%。
第三梯隊中另有12家非銀行機構，分別為上海金誠投資管理有限公司（0.61%）、廈門商業集團（0.23%）、寧波成功信息產業股份有限公司（0.4%）、青島華聯商廈（0.02%）,青島海天 大酒店（0.02%），中國抽紗山東進出口(百科)公司（0.04%）、青島市石油總公司（0.04%）、青島利群集團（0.01%）、青島橫店東方貿易大廈（0.02%）、青島黃海飯店（0.02%）、青島國貨有限公司（0.02%）、中國電信集團江蘇省電信公司（0.04%）。
不過，這些非銀行機構合計持有股份并不多，占比僅1.47%。
其中，上海金誠投資管理公司的持股是因為受讓了江蘇郵政局持有的江蘇銀行卡網絡服務中心6.41%的股權；廈門商業集團是以其持有的廈門金卡工程公司的凈資產出資；寧波成功信息產業公司則是受讓了大連市財政局(百科)持有的大連市信用卡網絡公司的6.93%的股權，并以此折合凈資產出資；青島華聯商廈、青島海天大酒店、中國抽紗山東進出口公司、青島市石油總公司、青島利群集團、青島橫店東方貿易大廈、青島黃海飯店、青島國貨有限公司這八家公司均是以其持有的青島市銀行卡網絡服務中心的凈資產出資；江蘇電信則是以其持有的江蘇銀行卡網絡服務中心的凈資產出資。
對此，銀聯人士解釋稱，在銀聯成立以前，國內各省市就已存在一些地方銀行卡網絡服務中心和金卡工程辦公室，后來在整合這些地方資源的基礎上成立了銀聯，因此其原有的一些地方股東也成為銀聯股東，不過經過稀釋后所占股權比較小，在銀聯并無話語權。