初創時期相對單純的股權結構一直持續穩定了5年有余。從2002年到2007年都未變過。
2008-2009：兩輪增資擴股
銀聯的第一次增資擴股在2008年。銀聯首輪資本運作方式為：通過定向增發，將其總股本從16.5億增至28.86億股，增發規模約為12億股，籌資額超過30億元。
央行于2007年3月22日簽發的銀辦函（2007）144號顯示，央行同意了銀聯的首輪增資擴股方案。具體為：銀聯向已經提交了認購意向的35家原發起股東和47家新成員機構（指于2008年6月27日增資前的新成員機構）發行共計7.71億股，發行價格為2.5元/股。
但是，一個小“意外”發生了，使得銀聯的首輪增資擴股被迫分為兩個階段。有3家原發起股東和1家新成員機構由于未能及時獲得銀監會批復，所以第一階段實際實施增資行為的只有32家原發起股東和46家新成員機構。
根據畢馬威華振會計師事務所上海分所審驗并出具的驗資報告顯示，銀聯第一階段募集7.28億股，共募集資金達18.2億元。
銀聯第二階段的增資擴股發生在2009年，上述“卡殼”的機構終于獲得銀監復（2009）184號批復，認購了新增注冊資本0.435億元，至此，銀聯的注冊資本增加至29.3億元，并且一直維持至今。
這四家“落后一步”的銀行分別為，廣發、恒豐、丹東市商業銀行，以及新成員機構鞍山市商業銀行。其認購價格也比第一批78家機構的2.5元/股略高，為2.62元/股。
值得注意的是，在此次增資中，中國銀聯采用了差別溢價策略：包括發起人股東在內的國內金融機構，此次認購銀聯股份的每股價格為2.5元左右；而外資金融機構需要支付的每股認購價格約為10元，外資入股溢價3倍。
這種差別溢價策略有意識地建立了保護性門檻。據知情人士稱，當時美國運通公司、萬事達等外資機構有意認購銀聯股份，但外資對相比于內資3倍的溢價表現出了一定的猶豫。部分外資機構表示，愿意支付購買銀聯股份的高溢價，但前提是能獲得大比例的股份，可以派代表進入銀聯董事會。
對此，銀聯的態度很鮮明。其股份轉讓協議中的一個附加條款是，不允許將銀聯包括旗下子公司的股份轉讓給國內外的競爭性機構及其關聯公司。
而銀聯經過兩輪增資擴股后，最明顯的變化首先是，代表央行的中國印鈔造幣總公司的持股比例增強，而五大銀行股權被稀釋，銀聯初創五年間前六大股東的等比例持股格局被打破。增資擴股后，中國印鈔造幣總公司持有銀聯1.425億股，持股比例為4.86%，一躍成為單一持股最大的第一大股東；