同時，任何一筆銀行卡至余額寶的轉入和轉出都涉及轉賬費用，均有支付寶承擔。余額寶托管于中信銀行，與其他銀行間的操作都為跨行轉賬。一般銀行與第三方支付會協商這一價格，最高的每筆為千分之二。支付寶與各家銀行商談的這部分價格外界不得而知。
以2500億元，0.33%的管理費計算，余額寶賺得的收入是8.25億元。不過，其每次規模提升都有大量線上下線的營銷活動，成本也已經以數億計算。
記者了解到，阿里內部被稱為“9號計劃”的余額寶二期，近期剛剛組織基金公司重新上報方案，該產品名為“定期寶”，暫定為開放平臺產品。支付寶的要求是分級、定期產品皆可，但收益率要高過余額寶，最重要的特點是有封閉期，該產品可能3月上線。還有消息稱，阿里近期在與某大型光伏電站投資及運營商洽談，期望將光伏電站資產金融證券化，也很可能對接定期寶。
不論多久，投資銀行協議存款的貨幣理財收益率必然下降。阿里內部更為重視余額寶對現有個人用戶的現金管理功能，定期寶則可以從收益率滿足客戶的理財需求，而定期運作也將大大降低支付寶的成本支出。
一些銀行人士分析，余額寶還可能利用阿里的大數據分析能力，自我組建了一個對多“資金拆解平臺”，根據具體自身情況和市場資金價格給需要資金的商業銀行報價，這樣通過頻繁交易提高收益，而商業銀行可以用這些錢繼續匹配自己的非標業務；或者余額寶二期可以將資金投入到阿里小貸中賺取高息差收益。
但工商銀行一位人士擔憂：余額寶是對銀行的掠奪和擠壓，這就是貨幣空轉，銀行不擔心你來搶我的市場，擔心你把市場秩序給攪亂了。
對于基金公司而言，目前許多基金公司都已經放棄了與互聯網平臺在個人貨幣基金用戶上的競爭，轉戰中小微企業現金管理。余額寶目前僅供個人用戶開戶，上限100萬元。大量淘寶商戶已經使用余額寶。由于央行反洗錢等政策，機構用戶基金開戶還沒實現電子化，同時企業做賬對貨幣基金電子賬單管理也存在問題，許多基金開始盯住支付寶看不上的細分市場，發展電腦端線上100萬以上級別的企業版“余額寶”。
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