而蘋果在 2006 年初時的第二版 iPhone 原型就和最終發布的比較接近了。它有了觸摸屏，用的改良版 OS X，但它通身是鋁制的。喬布斯和蘋果設計大神Jonathan Ive都很為它感到驕傲。但因為他們都不是無線通信的專家，他們并沒意識到這樣做設備只能成為一塊漂亮的磚頭。金屬屏蔽信號的能力很強。Phil Kearney，一位在 2008 年離職的前蘋果工程師，當時得和蘋果另一位通信專家 Rubén Caballero 一起向喬布斯和 Jonathan Ive 這兩人解釋，這樣信號是穿不過去的。這份解釋是很費勁的。大多數設計師其實都是藝術家，(物理等) 學科教育有限。但這些人在蘋果又很有話語權。他們會發問“那為什么不能開幾條縫隙讓信號穿過”，這又得花費一番功夫告訴他們為什么這樣也不太行。
蘋果當時的一個管硬件的高層 Jon Rubinstein 還說，大家也花了很長時間討論 iPhone 應有的大小。“當時我被要求做出兩種型號 - 一個是和 iPhone 現在這般的大小，另一個可稱為像 iPod 那樣大的 iPhone mini。我會理解成一個是智能手機，一個是不太智能的設備。但我們并沒在小型 iPhone 上有多少牽動力，要做好這些項目，你真的只能全心朝一個方向執行。”
一方面是得面對困難重重的多維度技術問題，而另一方面因喬布斯嚴苛的保密機制，即便 iPhone 團隊每周 80 小時超負荷工作，他們也不能向任何人說他們正在忙的項目。如果蘋果發現團隊里有人向自己朋友甚至是配偶透露了項目情況，那就只能是開除了。在某些時候，一個經理想要某位員工加入這個項目時，在沒說這個項目是什么之前就得先在辦公室對這次談話簽署一份保密協議。在被告之項目是什么之后，再簽署一份項目的保密協議。